Por real orden de 9 de septiembre de 1788 se encarga a los veterinarios militares Segismundo Malats e Hipólito Estévez (formados en la Escuela de Veterinaria de Alfort) la elaboración de un plan para la instauración de dos Escuelas de Veterinaria, una en Madrid y otra en Córdoba, las dos ciudades que cuentan con Reales Caballerizas. Este hecho representa el compromiso oficial de la instauración en España de la enseñanza metódica de la medicina veterinaria.
En enero de 1789, días después de ser entronizado Carlos IV, el catalán Malats y el aragonés Estévez concluyen el plan de gobierno para la Escuela de Veterinaria que les ha sido solicitado. Desestiman la propuesta de apertura de una escuela en Córdoba por mera comodidad, pues son muchas las Escuelas de Veterinaria que en Europa se ponen en marcha inicialmente con un único titulado veterinario al frente.
El Consejo de Castilla, organismo encargado de evaluar el proyecto, determina en junio de 1791 que el reglamento presentado por Malats y Estévez debe ser adoptado como base para el gobierno y enseñanza en la Escuela de Veterinaria de Madrid, encargando un informe sobre su contenido y desarrollo a los comisionados para el establecimiento de la Escuela de Veterinaria[-1-], el príncipe de Monforte (representante del Ejército) y el duque de la Cañada (representante del Consejo de Castilla). No nos adentramos ahora en las modificaciones efectuadas por los comisionados, baste decir que son numerosas y profundas, y que mejoran considerablemente el deficiente plan de estudios propuesto por los futuros directores de la Escuela de Veterinaria.
También son Malats y Estévez quienes eligen la ubicación de la Escuela de Veterinaria. Teniendo en cuenta los condicionantes previos y tras un análisis cuidadoso y reflexivo de los factores que consideran imprescindibles, estiman que el terreno situado junto a la Puerta de Recoletos es el más apropiado para situar la Escuela de Veterinaria. Creen que la huerta perteneciente a la congregación de San Felipe Neri no presentará problemas de adquisición debido a su escaso uso; que el terreno existente es suficiente para levantar además del edificio principal, el hospital y las oficinas; que tiene capacidad incluso para ensayos y experimentos de agricultura y economía rural; con agua suficiente y cercado por una muralla; con una situación cercana al Real Jardín Botánico para que puedan acudir los alumnos a las clases impartidas; y que su situación permite que los caballos y mulas enfermos pertenecientes tanto a la Real Caballeriza como a los habitantes de Madrid sean atendidos en la Escuela de Veterinaria[-2-].
Desde su concepción, en la Escuela de Veterinaria se pone de manifiesto tanto la vocación de servicio público a través de su caballeriza-hospital, como la conexión con la Real Caballeriza.
Referente a la asistencia conjunta de los alumnos veterinarios al Real Jardín Botánico nada hemos podido documentar, pero sí hemos hallado el primer herbario utilizado en la enseñanza de la Botánica perteneciente a la Escuela de Veterinaria, con casi 600 plantas[-3-].
Los comisionados se muestran de acuerdo con la situación y condiciones del lugar elegido, poniendo en conocimiento de Carlos IV los sólidos argumentos esgrimidos por ambos veterinarios.

De acuerdo con Moreno Fernández- Caparrós, la situación elegida para ubicar la Escuela de Veterinaria conecta con las intervenciones urbanísticas que se llevan a cabo en el eje Prado-Recoletos, que agrupa a las instituciones científicas más sobresalientes de la Ilustración española

 

De acuerdo con Moreno Fernández- Caparrós, la situación elegida para ubicar la Escuela de Veterinaria conecta con las intervenciones urbanísticas que se llevan a cabo en el eje Prado-Recoletos, que agrupa a las instituciones científicas más sobresalientes de la Ilustración española, como el Jardín Botánico, la Academia de Ciencias, el Observatorio Astronómico, el Gabinete de Historia Natural, el Hospital General, el Colegio de Cirugía de San Carlos y la Academia de Bellas Artes de San Fernando[-4-]. La escuela se ubica en la Colina de las Ciencias, máximo exponente ilustrado en la Corte. Tan espléndida situación, que coloca a la evolucionada profesión veterinaria al mismo nivel que las ciencias consideradas como más desarrolladas, tendrá sus consecuencias.
El 23 de febrero de 1792 se emite una batería de resoluciones que determinan el futuro de la veterinaria española, convirtiéndose en la fecha fundacional de la Escuela de Veterinaria de Madrid. El reconocido arquitecto Francisco Sabatini es el autor del proyecto y el encargado de la ejecución de la obra del edificio.
A 10 de diciembre de 1792, el alcalde de casa y corte Gutiérre Baca de Guzmán otorga en nombre del rey la posesión del edificio y de sus pertenencias a Segismundo Malats, nombrado director. El 18 de octubre de 1793 la Real Escuela de Veterinaria de Madrid abre sus puertas.
En el minuto 116 del partido final de la XIX Copa Mundial de Fútbol disputado entre España y Holanda, Andrés Iniesta marca el gol de la victoria española.
Mientras millones de personas celebran el gol ante los televisores, varios miles (10.000 según las crónicas) lo hacen ante una pantalla gigante instalada en la Plaza de Colón en Madrid. El contiguo edificio que alberga la Biblioteca Nacional de España permanece mudo. Esos lugares eran los ocupados respectivamente por la huerta y el edificio de la Escuela de Veterinaria.
El paso del tiempo es enemigo de lo construido si no se acompaña de adecuadas labores de mantenimiento. La amplia extensión del terreno ocupado por el edificio y la huerta de la Escuela de Veterinaria, en el cada vez más céntrico y elitista Paseo de Recoletos, hacen del establecimiento un bocado inmobiliario muy apetecible. La Escuela de Veterinaria caerá por sí misma.
Durante la Guerra de la Independencia el vallado exterior de la escuela sufre las consecuencias derivadas de ser uno de los puntos por los que la tropa napoleónica accede a la capital[-5-]. Sin embargo, su interior se mantiene en un aceptable estado de conservación, impartiéndose enseñanzas durante la práctica totalidad del periodo de ocupación[-6-].
Nicolás Casas de Mendoza, director de la Escuela de Veterinaria, se dirige al Ministro de Fomento en escrito fechado a 1 de julio de 1853 dándole cuenta del estado "indecoroso" en el que se encuentra el exterior de la escuela. Afirma que la fachada es la original, manteniéndose prácticamente sin retoque alguno; y que la verja que la rodea no se ha renovado desde hace 25 años, a pesar de tratarse de un edificio del Estado situado en "uno de los puntos mas concurridos de la capital". Tampoco el interior se salva del paso del tiempo, siendo varias las estancias cuyos techos "amenazan una ruina pronta", revistiendo especial gravedad la sala de concursos[-7-].
A pesar de la angustiada misiva y de los escasos recursos reclamados, nada obtiene el veterinario para "la decencia y decoro de la primera escuela del Reyno". La suerte de la escuela hace años que está echada. El primer objetivo es su huerta. Por real orden de 18 de enero de 1856 se determina la construcción en ella del espléndido edificio de la Casa de la Moneda. Entre el nuevo edificio y la Escuela de Veterinaria se crea la Calle de la Moneda, hoy de Jorge Juan.

El 18 de febrero de 1861 el ministro de Fomento comunica a su homólogo de Hacienda la conveniencia  del traslado de la Escuela de Veterinaria desde su ubicación original en el Paseo de Recoletos, a la Carrera de San Francisco nº 13.

El 18 de febrero de 1861 el ministro de Fomento comunica a su homólogo de Hacienda la conveniencia, término oficial que podríamos traducir como "imperiosa necesidad", del traslado de la Escuela de Veterinaria desde su ubicación original en el Paseo de Recoletos, a la Carrera de San Francisco nº 13. El motivo es el pésimo estado del edificio. Pero el ministro de Hacienda, que tiene informes sobre la verdadera situación del edificio de la Carrera de San Francisco, se anticipa a lo que inexorablemente ocurrirá: el nuevo destino volverá a la pertenencia de Hacienda una vez la Escuela de Veterinaria lo tenga que abandonar, pues "su estado de vida, capacidad y distribución" lo llevan a considerarlo únicamente como sede provisional[-48-]. Un parche válido para 15 años.
La intención última está conseguida. El solar que ocupa la Escuela de Veterinaria, que en ese momento tiene 27.515,40 m2, albergará un gran edificio destinado a Biblioteca Nacional y a Museo Arqueológico Nacional[-9-].
Francisco Jareño de Alarcón, profesor de la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Madrid, elabora en julio de 1861 la memoria, proyecto, presupuesto, programa de necesidades y planos para habilitar el edificio de la Carrera de San Francisco nº 13 como Escuela Profesional de Veterinaria, teniendo en cuenta el programa redactado por Casas de Mendoza referente a "las cosas absolutamente necesarias en la nueva casa"[-10-]. El curso académico 1862-63 da comienzo a 16 de septiembre ya en la nueva sede.
El 7 de agosto de 1863 se autoriza a Jareño a hacerse cargo de las llaves y efectos de la antigua escuela situada en Recoletos, realizando un muy exhaustivo inventario firmado por él y por Casas de Mendoza. El arquitecto realiza además una completa planimetría del edificio existente: del solar, de la planta baja y de la planta principal[-11-]. Son hasta el momento los únicos planos existentes del interior del edificio de la Escuela de Veterinaria de Madrid, que aquí reproducimos.
Por real orden de 18 de diciembre de 1863 se aprueba el proyecto presentado por Francisco Jareño de demolición del edificio de la antigua Escuela de Veterinaria de Recoletos, y de explanación del solar donde se situará el nuevo edificio de la Biblioteca Nacional de España y del Museo Arqueológico Nacional, también proyectado por el mismo arquitecto